Championnat de Slovaquie de football 1999-2000

La saison 1999-2000 du Championnat de Slovaquie de football était la 7e édition de la Slovak Superliga, le championnat de première division de Slovaquie. Les 16 meilleurs clubs du pays sont regroupés au sein d'une poule unique où chaque formation rencontre deux fois tous ses adversaires, à domicile et à l'extérieur. Du fait du passage de la Superliga de 16 à seulement 10 clubs la saison prochaine, les sept derniers du classement sont relégués et remplacés par le club champion de D2.

L'Inter Bratislava finit en tête du championnat et remporte le tout premier titre de champion de Slovaquie de son histoire. Il termine avec 9 points d'avance sur le 1.FC Kosice. L'Inter Bratislava réalise d'ailleurs le doublé Coupe-championnat en battant le 1.FC Kosice en finale de la Coupe de Slovaquie.