Championnat d'Ouganda de football 1999

La saison 1999 du Championnat d'Ouganda de football est la trentième édition du championnat de première division ougandais. Les équipes engagées sont regroupées au sein d'une poule unique où elles affrontent deux fois leurs adversaires, à domicile et à l'extérieur. En fin de saison, afin de permettre le passage de la Super League de 22 à 17 clubs, les dix derniers du classement sont relégués et remplacés par les cinq champions régionaux de deuxième division.

C'est le club de Villa SC, tenant du titre, qui remporte à nouveau cette saison après avoir terminé en tête du classement, avec deux points d'avance sur Express FC et dix-huit sur Simba FC. C'est le onzième titre de champion d'Ouganda de l'histoire du club.

Deux clubs sont disqualifiés en cours de saison: Uganda Electricity Board et Idudi FC. Leurs résultats sont annulés et le championnat se termine avec vingt formations.